复旦大学中外现代化进程研究中心正式成立于2000年3月，是整合复旦大学历史学、政治学、经济学等学科所组建的研究机构，目标是立足上海，服务全国，力争在学术水平、软硬件设施及科研管理方面，建设成国内一流的研究中心。中心的建立顺应了高等学校学科建设的需要，应该定位于综合性的、开放性的研究中心，在较高层次上实现跨学科的整合，并且在运作机制创新上走出一条新路。2004年，中心被评选为教育部人文社会科学重点研究基地。
“中心”下设“上海现代化国际大都市研究室”、“中国现代化进程研究室”、“世界现代化进程研究室”、“比较文明与比较现代化研究室”四个研究室及“资料文献部”。同时还设有《近代中国研究集刊》编辑部，规划“中心”“集刊”和“专刊”的出版。通过多年的学术积累，已形成了一支具有较强实力的研究团队，汇聚了复旦人文及社会科学各方面的学术骨干，包括姜义华（历史系）、吴景平（历史系）、张晖明（经济学院）、袁志刚（经济学院）、林尚立（国际关系学院）、陈思和（中文系）等著名学者。首任中心主任由姜义华教授担任。现任中心主任为章清教授。
“中心”建设初期即承担了教育部委托的重大课题“中国现代化：理论与实践”，和“十五”“211工程”重点学科建设项目“上海现代化国际大都市与长江三角洲：历史变迁的多维视野研究”。此外，“中心”研究人员还承担着国家社科基金项目8项，省部级项目20项，并在《中国社会科学》、《历史研究》、《经济研究》、《政治学研究》等CSSCI来源学术刊物上发表论文93篇。在各项社科评奖中，有27项获得奖励。同时，通过研究人员的互访、资料交换与合作研究课题的方式，“中心”与国内外学术机构建立起密切的学术交流机制。近年来，“中心”接待了来自海内外的专家学者共计40人，他们在“中心”作了约40场学术报告，不仅活跃了“中心”的学术空气，也使年青学者及青年学生从中获得极大收益。
在教育部、复旦大学等有关领导的关怀下，通过多年的建设，“中心”在学科建设、管理机制等方面都作了有益的探索，已成为复旦大学学科建设重要组成部分，硬件设施有了明显改善。在未来的建设中，“中心”将通过组织机构的调整，更加明确“中心”的各项工作：第一，继续通过重点课题带动中心的工作，组织并承担具有重大学术意义和现实意义的课题。第二，进一步落实跨学科专业的整合工作，以新的运作方式带动中心工作。第三，通过举办高层次的国际学术研讨会，邀请国际知名学者与中国学者一起，就中外现代化进程展开高层次的对话。